Gıda mikrobiyolojisi, istenmeyen mikroorganizmaları konu alan bilim dalıdır. Gıda işleme ve taşıma sırasında eksik ve\veya hatalı uygulamalar sonunda gıdaları bozan, insanları hastalandıran mikroorganizmalarla ilgilenmektedir. Gıda mikrobiyolojisini ilgilendirenler, gıdalardaki istenmeyen mikroorganizmalardır. Herhangi bir mikroorganizmadan endüstriyel olarak bir ürün (örneğin, yoğurt elde ediliyorsa), bu gıda değil, endüstriyel mikrobiyoloji konusudur. Gıda kaynaklı mikrobiyolojik hastalıklarda gıdanın fiziksel ve duyusal nitelikleri önemlidir. Çok genel olarak bir gıda 106 -107 kob/g-mL sayıda mikroorganizma içeriyorsa fiziksel ve duyusal açıdan fark edilebilecek şekilde bozulmaya başlamıştır. Bir diğer deyiş ile gıda; erime, kokuşma, renk değişikliği, ekşime, şişme vb. fiziksel ve duyusal özellikleri ile orijinalliğini yitirmiştir.
Gıdalar üretimleri, işlenmeleri, ve saklanmalarıyla tüketiciye kadar geçen aşamalarda mikroorganizmaların önemli sonuçlar verebilecek bulaşmaları ile karşılaşabilirler. Genellikle mikroorganizma oluşan üründe; bozulma veya tüketicilerde gıda kökenli hastalık ve zehirlenmelere kadar yol açabilen sorunlar, kullanılan ürün veya işleme tekniğine bağlı olarak ortaya çıkan sağlık, ekonomik ve zaman kayıplarına yol açmaktadır.
Mikrobiyoloji Laboratuvarında hayvansal, bitkisel ve yem ürünlerinde mikrobiyolojik analizler yapılmaktadır. İnsanlarda gıda zehirlenmelerine ve ölümlere neden olan Salmonella, Listeria, Stafilococccus, E. coli gibi kendileri yada toksinleri ile hastalık oluşturan bakterilerin teşhisleri yapılmaktadır.
Bütün bunlar mikrobiyoloji laboratuvarlarında yapılan analizlerin ve sonuçlarının önemini ortaya koymaktadır. Bu durumda yapılacak mikrobiyolojik analizlerinin ve sonuçlarının güvenilirliği açısından örneklerin numune alma yönetmeliği'ne uygun koşullarda laboratuvarımıza ulaştırılması gerekmektedir.
Gıdalarda bulunan, istenmeyen mikroorganizmaların analiz yöntemi gıdanın çeşidine, ne denli istenmediğine ve gıdada olası bulunma sayısına göre değişir.
Gıda maddesi sıvı ise doğrudan analize alınabilmekle beraber, katı gıdalarda analiz öncesi bir homojenizasyon işlemi zorunludur. Prensip olarak Salmonella spp., Listeria monocytogenes gibi patojen bakteriler belirli bir hacim ya da ağırlıkta var/yok analizi ile aranırken, saprofit ve ürünün bozulmasına sebep olacak mikroorganizmaların analizi ise sayılarak yapılır.
Laboratuvarımızda yapılan mikrobiyolojik analizlerden bazıları şunlardır,